あまりはっきり記載している記事がなかったので記載しておきます。

R6年の年末調整で、所得税額が少なくて定額減税額分を控除しきれなかった場合は、

源泉徴収票の備考欄に「控除外額〇〇円」として記載されます。

例：年間所得税額20,000円、定額減税額30,000円の場合

差額10,000円は控除されず、年末調整還付にもならない。

→控除外額10,000円として源泉徴収票に記載。→市区町村へ提出。

その情報はR7年に実施する不足額給付の額を算出する際に用いますので、R7年に別途給付される予定となります。

したがって、令和７年１月以降に支給される給与等に係る源泉徴収税額からは控除しません。給付情報を待ちましょう。

R6.12.13

（国税庁：令和6年分所得税の定額減税Q＆A参照）

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/0024001-021.pdf